Před zahájením obhajoby disertační práce musí student splnit všechny podmínky pro ukončení studia. Obhajoba disertační práce probíhá v souladu se Studijním a zkušebním řádem MU, § 31 - 34. Obhajoba disertační práce probíhá v anglickém jazyce. Obvykle probíhá na místě (student musí být přítomen osobně, členové/oponenti externí komise mohou být přítomni online).

Student podává Přihlášku k obhajobě disertační práce prostřednictvím IS MUNI se všemi požadovanými přílohami nejméně dva měsíce před plánovaným termínem obhajoby:

is.muni.cz -> Dokumentová kancelář -> Podání úkolu -> Agenda: PřF ODSKAZINT: Přihláška k obhajobě doktorské práce
Obhajoba se koná nejpozději do jednoho roku (obvykle do dvou/tří měsíců) od podání přihlášky, pokud se nemůže konat ze závažných důvodů, o kterých musí být uchazeč informován.

Komise pro obhajobu disertační práce
Členové výkonného výboru oborové rady doktorského studia jmenují odbornou komisi (komise pro obhajobu disertační práce) složenou z pěti a více členů - předseda, členové/oponenti. Pravidla univerzity a programu vyžadují tři oponenty. Nejméně dva (optimálně všichni) nejsou v pracovním poměru k Masarykově univerzitě, jeden z nich musí být ze zahraniční instituce. Pro posílení kvality diskuse při obhajobě budou oponenti práce zároveň členy zkušební komise.
Členové/oponenti komise pro obhajobu disertační práce musí být na úrovni docenta a vyšší; v opačném případě musí být schváleni Vědeckou radou MUNI. Tato rada se schází několikrát ročně; životopis je třeba předložit v předstihu před zasedáním rady. Oponenti musí předložit své posudky nejméně sedm pracovních dnů před datem obhajoby.

Obhajobu doktorské práce koordinuje koordinátorka doktorského studia NCBR společně se Studijním oddělením doktorského studia Přírodovědecké fakulty.

Proces
Obhajoba probíhá formou dvacetiminutové prezentace výsledků doktorského projektu, po níž následuje diskuse s vyjasněním připomínek a dotazů oponentů, další dotazy členů zkušební komise a dotazy z publika.